Práctica sobre técnicas de Optimal Transport para la generación y caracterización de datos omicos en comunidades de plancton

Changed on 09/11/2023

Inria, el instituto francés de investigación en ciencias digitales, promueve la excelencia científica y la transferencia de tecnología para maximizar su impacto al enfrentar los desafíos de la informática y las matemáticas, a menudo en la interfaz de otras disciplinas y aplicadas a la astronomía, la ecología marina, la agricultura inteligente, el medio ambiente, el clima, entre otras.

Si te apasiona el conocimiento tecnológico-científico y buscas contribuir al desarrollo de proyectos de alto impacto esta oportunidad en Inria Chile es para ti:

¿Por qué ser parte de nuestro equipo Inria Chile?

  • Somos una organización que promueve el aprendizaje constante.
  • Valoramos la diversidad y la inclusión.
  • Hacemos hincapié en un equilibrio saludable entre vida y trabajo.
  • Somos colaborativos y transparentes.
  • Somos amigables.
  • Inria Chile se enorgullece de ser un empleador que ofrece plena igualdad de oportunidades.

¿Qué buscamos?

Buscamos una persona que le gusten los desafíos, muestre interés en el aprendizaje, trabaje en equipo, pueda explorar y aplicar modelos de Optimal Transport, en el análisis de datos ómicos como metagenómicos y metatranscriptómicos, provenientes de diversas profundidades oceánicas. Los modelos de Optimal Transport ofrecen un marco poderoso para comparar y alinear distribuciones de probabilidad, lo que es crucial para entender y predecir cómo las comunidades microbianas se adaptan y evolucionan en diferentes condiciones ambientales.

En colaboración con la Fundación Tara Ocean y otros socios, se han recopilado extensos conjuntos de datos ómicos de diferentes profundidades oceánicas. Para esta pasantía, se busca desarrollar y aplicar modelos de Optimal Transport para predecir los perfiles metagenómicos del fondo del océano, utilizando como referencia los perfiles metagenomicos de comunidades que habitan en la superficie, entre otras aplicaciones de interconversión, en el contexto del proyecto OcéanIA.

 

Aprenderás  sobre:

  • Estudiar y familiarizarse con la teoría y aplicaciones del Optimal Transport.
  • Desarrollar y aplicar modelos de Optimal Transport para analizar y comparar datos metagenómicos y metatranscriptómicos de diferentes profundidades oceánicas.
  • Intentar mejorar y adaptar modelos existentes para predecir perfiles metagenómicos en el fondo del océano basándose en muestras superficiales.
  • Revisar y obtener el estado del arte relevante a nuestro problema, e implementar y evaluar enfoques prometedores en nuestro conjunto de datos.

 

Perfil del estudiante:

  • Áreas de interés:
    • Interés en Optimal Transport, Machine Learning, y su aplicación en datos ómicos y ambientales.
    • Motivación para contribuir en la investigación interdisciplinaria en la intersección de ciencia de datos, biología y ciencias ambientales.
    • Si bien el foco del trabajo es en Ciencias de la Computación / Inteligencia Artificial, si el pasante tiene interés por técnicas de Optimal Transport aplicadas a datos biológicos, particularmente la comprensión de datos que provienen de secuenciación masiva de ADN y ARN de los oceános a nivel global, este trabajo podría ser aún más interesante.
  • Carreras: Ingeniería con mención en Computación, Matemáticas, Bioinformática, Biotecnología, Bioquímica o carreras afines (con experiencia en ciencia de datos, inteligencia computacional, etc.).
  • Motivación por aprender
  • Prolijidad
  • Proactividad en la resolución de problemas
  • Autonomía

 

Conocimientos técnicos:

  • Lenguaje de programación Python.
  • Bases teóricas de Machine Learning y Deep Learning en particular.
  • Bases teóricas de regresiones simbólicas  (deseable, pero no obligatorio).
  • Bases teóricas de Genómica (deseable, pero no obligatorio).
  • Procesamiento de datos para machine learning (ej. usando scikit-learn).
  • Nociones básicas de programación en algún framework de Deep Learning como PyTorch.

¿Qué ofrecemos?

  • Distribución de horas de prácticas entre diciembre 2023 y marzo 2024, según lo requerido por tu universidad.
  • Modalidad: presencial
  • Ubicación: oficinas Inria Chile, Avda. Apoquindo 2827, piso 12, Las Condes, Santiago (metro Tobalaba).
  • Se entregará una compensación por concepto de colación y movilización de $350.000 pesos brutos.

¿Cómo postular?

Escríbenos una carta de motivación contándonos sobre tus habilidades e intereses, queremos conocerte, además indicanos:

  • ¿Por qué quieres ser parte de nuestro equipo?
  • ¿En qué fecha podrías comenzar tu práctica?
  • ¿Cuántos meses puedes colaborar con nosotros?
  • ¿Cuántas horas de prácticas debes realizar?

 

Contesta a este formulario y sube tu carta de motivación junto a tu CV.

Recibiremos postulaciones hasta el 26 de Noviembre del 2023.