Práctica en Genomas y Metagenomas con IA, en comunidades de plancton

• Somos una organización que promueve el aprendizaje constante.
• Valoramos la diversidad y la inclusión.
• Hacemos hincapié en un equilibrio saludable entre vida y trabajo.
• Somos colaborativos y transparentes.
• Somos amigables.
• Inria Chile se enorgullece de ser un empleador que ofrece plena igualdad de oportunidades.

Buscamos una persona que le gusten los desafíos, muestre interés en el aprendizaje, trabaje en equipo, pueda indagar y aplicar técnicas de Inteligencia Artificial para generar representaciones de genomas y metagenomas. Un genoma es toda la información genética que tiene un organismo o una célula, lo cual es como su "manual de instrucciones" para funcionar. Por otro lado, un metagenoma es como una "biblioteca" que guarda los genomas de muchos organismos de una muestra, como por ejemplo, una gota de agua del mar. Esto nos ayuda a entender la diversidad y las funciones biológicas en un ambiente sin tener que cultivar cada organismo de manera individual.

Nuestro colaborador principal, la Fundación Tara Ocean, ha explorado los océanos de todo el mundo desde 2006, recolectando muestras a diferentes profundidades para analizar variables fisicoquímicas del agua, y secuenciar metagenomas para entender la vida en el océano.  En esta pasantía, queremos llevar el trabajo un paso más allá. Usaremos modelos generativos como VAEs y GANs, entre otros, empleando como input datos ómicos para entender y predecir cómo el cambio climático afectará la vida en el océano, en el marco del proyecto OcéanIA. Trabajarás con el equipo de ciencia de Inria Chile, especialmente con expertos en Machine Learning y Bioinformática.

Aprenderás  sobre:

• Estudiar modelos generativos recientemente aplicados a este tipo de tareas recientes  usando deep learning.
• Intentar mejorar resultados actuales, por ejemplo, mediante optimización de hiperparámetros del algoritmo actual.
• Implementar/aplicar modelos del estado del arte a nuestro problema.

Perfil del estudiante:

• Áreas de interés:
  • Lo principal es interés por Machine Learning/Deep Learning y su aplicación en Genómica.
  • El fruto de este trabajo podría implicar la publicación de un artículo científico con el pasante como uno de los autores por lo que un interés científico también es recomendable.
  • Si bien el foco del trabajo es en Ciencias de la Computación / Inteligencia Artificial, si el pasante tiene interés por la Bioinformática, particularmente la comprensión de datos que provienen de secuenciación masiva de ADN y ARN de los oceános a nivel global, este trabajo podría ser aún más interesante.
• Carreras: Ingeniería con mención en Computación, Matemáticas, Bioinformática, Biotecnología, Bioquimica o carreras afines (con experiencia en ciencia de datos, inteligencia computacional, etc.).
• Motivación por aprender.
• Prolijidad.
• Proactividad en la resolución de problemas.
• Autonomía.

Conocimientos técnicos:

• Lenguaje de programación Python.
• Bases teóricas de Machine Learning y Deep Learning en particular.
• Bases teóricas de Genómica (deseable, pero no obligatorio).
• Procesamiento de datos para machine learning (ej. usando scikit-learn).
• Nociones básicas de programación en algún framework de Deep Learning como PyTorch.

• Distribución de horas de prácticas entre diciembre 2023 y marzo 2024, según lo requerido por tu universidad.
• Modalidad: presencial
• Ubicación: oficinas Inria Chile, Avda. Apoquindo 2827, piso 12, Las Condes, Santiago (metro Tobalaba).
• Se entregará una compensación por concepto de colación y movilización de $350.000 pesos brutos.

Escríbenos una carta de motivación contándonos sobre tus habilidades e intereses, queremos conocerte, además indicanos:

• ¿Por qué quieres ser parte de nuestro equipo?
• ¿En qué fecha podrías comenzar tu práctica?
• ¿Cuántos meses puedes colaborar con nosotros?
• ¿Cuántas horas de prácticas debes realizar?

Contesta a este formulario y sube tu carta de motivación junto a tu CV.

Recibiremos postulaciones hasta el 26 de Noviembre del 2023.